啟功晚年畫作價位呈穩(wěn)定上升趨勢。中國嘉德1999年秋季拍賣他的《朱竹墨石圖》，以7萬余元成交。到了2002年，同樣的四尺整紙啟功朱竹圖價位已在10萬元以上了。啟功眼疾加重，作畫十分困難，畫作更顯珍貴。他多次為人出訪及國際交流繪制作品。啟功生前風趣地說：“我這里是禮品制造公司?！?br/>
啟功除了是當代書畫家，亦通曉語言文字、古書畫鑒定之學，其中尤精碑帖研究。在碑帖之學上，啟功開拓了新的研究方法，啟功嘗作詩論曰：“買櫝還珠事不同，拓碑多半為書工。滔滔駢散終何用，幾見藏家誦一通?！币桓囊酝覍W者，如葉昌熾、翁方綱等研究歷代碑帖只重形式，不重內(nèi)容；只知書法，而略其辭章之習。

除研究方法開拓新途外，啟功更對《孝女曹娥碑》的真?zhèn)巫鞒鲆诲N定音之論，判定歷代相傳的《曹娥碑》殊非王羲之真跡。期間，雖有部分學者提出異議，如香港學者陳勝長曾撰〈絹本《孝女曹娥碑》墨跡考辨〉與之辯論，惟啟功以其特的研究方法與深厚學養(yǎng)，對陳氏之立論作出有力反駁，并深責陳氏之說乃“一派胡言”，終使《孝女曹娥碑》的真?zhèn)蔚靡员婷鳌Ｔ敿氄撌稣垍⒖紗⒐Α墩摃^句》《古代字體論稿》《論書札記》等書。