這種類型的冷藏標集裝箱是為了滿足需要冷凍或低溫保存貨物的需求，一般分為內藏式和外置式兩種類型，前者設有冷凍機，一些需要保鮮冷凍的蔬果或是肉類可以通過這種非標集裝箱來回運輸，走過千山萬水，但它的造價和運營費用都令人瞠目結舌，因此隨時調控箱體內溫度，消耗不超額。
通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因為其在采摘過后仍然能夠進行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。然而，其它商品比如冷藏肉/魚類和奶酪則并非如此。水果的低設定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，注意確保這類貨物以佳狀態(tài)交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調儲藏運輸貨物）外，其通風設備通常要保持開啟狀態(tài)。一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應當注意大多數(shù)冷凍裝置僅能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數(shù)量。人工氣調儲藏運輸?shù)呢浳镄枰褂媚軌蚶玫投趸继娲鯕馑降挠猛镜募b箱，來延長已采摘的產(chǎn)品的保質期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識來確定適宜的氣體濃度水平。
二手冷藏集裝箱的冷藏制冷能力有限，主要用于保持貨物溫度。也是說，人們把-20℃的貨物裝進去，它能保持貨物在-20℃，地運送到目的地；人們把5℃的貨物裝進去，它能保持貨物在5℃下地運送到目的地。如果把常溫下（20℃）的貨物，直接裝箱并要求它冷凍到-20℃，將無法實現(xiàn)。因此，貨物在裝入二手冷藏集裝箱之前需先降溫到溫度。
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