他沒(méi)想到的是，四年級(jí)劃分時(shí)，清華營(yíng)建系已改為純工科的建筑系，沒(méi)有了建筑史。他被分到工業(yè)建筑，畢業(yè)后分配到中國(guó)科學(xué)院土木建筑研究所。幸而1956年9月中科院與清華建筑系合辦建筑歷史與理論研究室，梁思成任主任，傅熹年被所在單位派到這個(gè)研究室工作，得以回到母校清華。他以為終于實(shí)現(xiàn)了研究中國(guó)建筑史的夙愿，但命運(yùn)再一次捉弄了他。
反右運(yùn)動(dòng)中，因一些私下閑談被人揭發(fā)，他被劃成右派，1959年春下放建筑工程部的北京南口農(nóng)場(chǎng)勞動(dòng)。
說(shuō)起這次下放，他只淡淡地說(shuō)工作是“放牛、養(yǎng)豬、種老玉米”。他覺(jué)得自己很厲害的是給母豬接生，十個(gè)八個(gè)呼嚕一下子就生出來(lái)了，“挺好玩的”。下放的近兩年里，他抽空反復(fù)通讀了帶去的《資治通鑒》和宋《營(yíng)造法式》。
1960年10月，他摘掉了右派帽子，返回單位。反右后，建筑歷史與理論研究室已被清華撤銷(xiāo)，經(jīng)梁思成聯(lián)系，傅熹年等非清華人員調(diào)到了建筑工程部所屬的建筑科學(xué)研究院建筑歷史室。工作室的主任是梁思成，副主任是劉敦楨、汪季琦。傅熹年被編入民居研究組，參加了王其明負(fù)責(zé)的浙江民居調(diào)查。

有一次，啟功偶然從一個(gè)信封里找到幾張“漏網(wǎng)”的敦煌寫(xiě)經(jīng)殘片照片，與傅熹年同看，說(shuō)其中一張好，書(shū)法秀美瀟灑，毫無(wú)職業(yè)寫(xiě)經(jīng)人的習(xí)氣。
這是一篇寫(xiě)經(jīng)的發(fā)愿文。文中稱(chēng)，自己發(fā)愿要寫(xiě)三千部《妙法蓮華經(jīng)》，以為亡母“太原王妃”祈福。兩人都覺(jué)得“太原王妃”眼熟，但一時(shí)想不起是誰(shuí)。
幾天后再見(jiàn)面，啟功高興地說(shuō)，終于想起來(lái)了！武則天之父武士彟死后追贈(zèng)太原王，太原王妃即武則天的生母楊氏。但武士彟還有其他子女，不能確定要發(fā)愿寫(xiě)經(jīng)的就是武則天。當(dāng)時(shí)無(wú)法查資料，這個(gè)疑問(wèn)只能暫時(shí)擱置了。
1968年底“清理隊(duì)伍”后，傅熹年獲準(zhǔn)回到人民隊(duì)伍中，隨全院職工整體下放河南的“五七干?！?。之后，建筑研究院被撤銷(xiāo)，人員星散。傅熹年被分配到甘肅天水，在國(guó)家建委第七工程局的工程公司為技術(shù)員，再次離開(kāi)了古建。

鑒定工作結(jié)束后，傅熹年偶然翻閱舊筆記，起了對(duì)《百尺梧桐軒圖》加以考訂之心。因?yàn)檫@幅繪畫(huà)之精雅、題詩(shī)諸人的聲名之煊赫都給他留下了深刻的印象，為什么一幅偽作卻會(huì)有七位同時(shí)代名家為它題跋？
通過(guò)研究題詩(shī)的內(nèi)容和題詩(shī)的時(shí)間地點(diǎn)，他判定，畫(huà)上的梧桐軒主人應(yīng)是張士誠(chéng)之弟張士信。當(dāng)時(shí)張士誠(chéng)以富庶的平江（蘇州）為中心割據(jù)江浙11年之久，在遍布全國(guó)的元末起義烽煙中，這里成了一個(gè)文學(xué)藝術(shù)盛的孤島。傅熹年認(rèn)為，畫(huà)的作者應(yīng)是當(dāng)時(shí)居留在平江的一位名家，其畫(huà)風(fēng)受到趙孟頫的影響。張士誠(chéng)兵敗身亡后，收藏者不得不裁去原款，偽托趙孟頫所作，實(shí)是為了將畫(huà)作保存下來(lái)而不是為了欺世盜名。因此，此圖雖非出自趙孟頫，也有特殊的歷史和藝術(shù)價(jià)值。

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