南酸棗樹的整形，一般可采用自然開心形或主干疏層形。

1、自然開心形，苗木種植后在80-100厘米處定干，當年留主枝3-4個，其余抹除，主枝的位置和角度要分配適當，主枝生長的角度以50-60度斜生為宜。第二年春季萌芽前修剪時，再將主枝留60-80厘米處進行短截，并在主枝的兩側(cè)選留2-3個側(cè)枝，培養(yǎng)成副主枝:2-3年后即形成樹冠的骨架。

2、主干疏層形：苗木種植后在主干高100-120厘米處定干，長出分枝后，以上端的枝條作為中心主干延長枝，以3~4個枝條作為主枝。以后逐年留主干延長枝及第二，三層主枝，每層可留2~3個主枝。每個主枝留2個側(cè)枝，方向錯開。每層距離100-120厘米，層內(nèi)主枝距離約10~15厘米左右，3-4年后樹冠骨架基本形成。

3、修剪:對幼樹的修剪可迅速擴大樹冠，增加有效枝量，幼齡樹有三叉枝、四叉枝的習性，要留強疏弱，疏去其余。其修剪的原則是疏而不截。對強壯枝條，只要方位適宜，盡量保留。

南酸棗5-8年樹結(jié)果以后，結(jié)果部位外移，樹冠不斷擴展，內(nèi)堂空虛，結(jié)果母枝數(shù)量減少，產(chǎn)量不穩(wěn)，對這類樹修剪主要是回縮主枝，疏刪細弱枝條，控制結(jié)果部位外移，使養(yǎng)分集中以增加樹勢，在內(nèi)堂培育強壯的結(jié)果母枝，呈現(xiàn)全樹內(nèi)外立體結(jié)果。
對生長過旺的大樹，應(yīng)適當多留枝條，以分散樹體養(yǎng)分。緩和長勢，增加強旺的結(jié)果母枝，使期能高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)，對這類樹要注意疏刪過密枝，使內(nèi)堂的枝組能充分，受到光照，切忌重縮重截。

南酸棗對樹冠外圍一年生的結(jié)果母枝和尾枝，一般不修剪，因強壯的結(jié)果母枝和尾枝，有3~5個飽滿的芽能抽生較好的結(jié)果枝，如果生長過密，可適當疏剪一部分較弱的母枝，以免影響樹的通風透光，對生長較弱的樹，可將纖細枝條基部留3~4個芽進行短截，以便枝條的更新對于其它部位抽生的枝條，根據(jù)其著生部位不同進行疏剪或短截。如在樹冠空虛部位，可自基部留2~4個芽進行短截以培養(yǎng)枝組;:如果生長部位不當，擾亂樹形，可自基部疏剪。對纖弱枝，可短截使之成為結(jié)果母枝，討病蟲枝、枯枝、嫁接口以下的砧木;以及著生部位不當?shù)闹l一律剪除 。